Outre le cycle fondamental, le cycle de Master est doté de plusieurs filières. Ces dernières sont destinées à améliorer les connaissances des candidats en leur permettant de se spécialiser davantage dans un des parcours entamés dès ledit cycle fondamental. Le Master est organisé sous forme de quatre semestres subdivisés en deux stades : un premier d’acquisition des connaissances de base (tronc commun) et un second d’approfondissement et de perfectionnement.

Les filières en question sont :

1. Filière « Histoire et Archéologie de l’Occident Méditerranéen » (2014-2018).

Cette filière permet aux étudiants inscrits de bénéficier d’une formation approfondie en Archéologie tout en prenant en considération les paysages culturels qui correspondent aux contextes naturel et humain du patrimoine archéologique. Elle leur permet également de maintenir, de renforcer et de s’ouvrir sur des institutions universitaires nationales en vue d’avoir une formation adéquate et solide. Ce master est axé la formation d’une nouvelle génération de cadres capables de prendre en charge les chantiers archéologiques pour les différentes périodes de l’Histoire du Maroc

2. Filière « Muséographie » (2014-2018).

Cette filière permet aux étudiants inscrits de bénéficier d’une formation approfondie en muséographie, notamment une meilleure connaissance des objets muséographiques, une bonne gouvernance des collections muséographiques et des institutions muséales et culturelles et une maitrise des techniques de conservation-restauration, d’exposition et de médiation culturelle. Elle leur permet également de maintenir, de renforcer et de s’ouvrir sur le milieu socio-économique, les secteurs culturels privés et institutionnels et sur les institutions universitaires nationales, les institutions muséales et universitaires partenaires internationales pour offrir aux étudiant(e)s une formation solide. Ce master est destinée à la formation d’une nouvelle génération de cadres apte à assurer la gestion et la conservation des biens culturels au sein des institutions muséales, à gouverner des musées et à mettre au service du développement, les richesses patrimoniales autant nationales que locales.

3. Filière « Diversité Culturelle et Patrimoine » (2016 à ce jour).

Cette filière permet aux étudiants inscrits de bénéficier d’une formation approfondie en anthropologie appliquée à la question de la diversité culturelle et à celle du patrimoine. Elle leur permet de maintenir, de renforcer et de s’ouvrir sur les secteurs culturels privés et institutionnels et sur les institutions universitaires nationales, les institutions muséales et universitaires partenaires. Ce master est conçu dans l’espoir de former une nouvelle génération de cadres apte à assurer la gestion des départements publics, des cabinets d’ingénierie culturelle et des institutions culturelles.

4. Filière « Préhistoire » (à partir de septembre 2019).

Cette filière permet aux étudiants inscrits de bénéficier d’une formation approfondie en Archéologie préhistorique tout en prenant en considération les nouveaux acquis nationaux et internationaux de la Préhistoire. Elle leur permet également de maintenir, de renforcer et de s’ouvrir sur des institutions universitaires nationales et internationales. La formation assurée dans le cadre de ce master serait à même d’outiller efficacement les étudiants pour prendre en charge les chantiers préhistoriques nationaux.