سلك الدكتوراه في "علم الآثار وعلوم التراث" هو سلك تعليمي بحثي يهدف إلى مواصلة تدريب المهنيين المتخصصين في مجال علم الآثار وعلوم التراث. يشكل هذا التدريب المرحلة الأخيرة من الإصلاح التعليمي الذي قام به المعهد منذ عام 2012 مثل مؤسسات التدريب التنفيذي الأخرى للتعليم العالي. الهدف الرئيسي هو مواصلة إعداد الترقيات للطلاب الذين حصلوا على درجة الماجستير في التخصصات المختلفة لهذه المؤسسة وكذلك من المؤسسات الأخرى. سيضمن هؤلاء الخريجون الخلافة في مجال البحوث الأثرية والأنثروبولوجية أو سيقومون بتدريب المديرين التنفيذيين المستقبليين الذين سيتولون مسؤولية إدارة المؤسسات الثقافية وتطويرها، وخاصة المواقع والحدائق الأثرية والمتاحف، وما إلى ذلك. وسيسمح لهم هذا التكوين أيضا بالحصول على وظائف كمدرسين وباحثين في الجامعات المغربية والأجنبية.